Jedinicu za upravljanje Fondom (JUF) osnovao je implementacioni konzorcijum kako bi podržao Ministrarstvo obrazovanja i nauke u ​​svakodnevnom upravljanju i finansijskom upravljanju Fondom.

Jedinica za upravljanje Fondom zadužena je za organizaciju otvorenih javnih poziva i procesa odabira, pružanje tehničke podrške projektima, nabavke, izveštavanje i razne druge zadatke. Štaviše, JUF teži uspostavljanju dijaloga sa zainteresovanim stranama o lekcijama naučenim u postojećim inicijativama iz domena kooperativnog i dualnog obrazovanja.

Jedinicu za upravljanje Fondom čini međunarodni tim stručnjaka sa iskustvom u razvojnim projektima, finansijama, menadžmentu i stručnom obrazovanju. Rad JUF-om podržava grupa odabranih stručnjaka za stručno obrazovanje, koji igraju važnu ulogu kao nezavisni evaluatori predloga projekata.