Njësia e Menaxhimit të Fondit (FMU) u krijua nga konsorciumi zbatues i konsulencës për të mbështetur Ministrinë e Arsimit, Shkencës, Teknologjisë dhe Inovacionit në menaxhimin e përditshëm dhe menaxhimin financiar të Fondit.

Njësia e Menaxhimit të Fondit është përgjegjëse për organizimin e thirrjeve të hapura dhe procesit të përzgjedhjes duke siguaruar mbështetje teknike për projekte, prokurime, raportime dhe detyra të ndryshme. Për më tepër, FMU tenton të vendosë një dialog të gjerë ndërmjet palëve të interesuara rreth mësimeve të fituara gjatë zbatimit të nismave ekzistuese të AAP-së. 

Njësia e Menaxhimit të Fondit përbëhet nga një ekip ndërkombëtar i ekspertëve që kanë përvojë në projekte zhvillimore, financa, menaxhment dhe fushën e AAP-së. Puna e FMU-së mbështetet nga një grup i specialistëve të zgjedhur për fushën e AAP-së, të cilët luajnë një rol të rëndësishëm si vlerësues të pavarur të projekt propozime.